javascript:navigator.registerContentHandler("application/vnd.mozilla.maybe.feed","http://フレッシュリーダのURL/feedsubindex.php?u=%s","フレッシュリーダー");

上記コードをアドレスバー上にて実行すればOK。下記のようなポップアップが出現する。

なお、鯖事情などでフレッシュリーダーを移転した場合には「about:config」にて変更が可能。

その場合は、browser.contentHandlers.typesという項目をフィルタで探し、おそらくbrowser.contentHandlers.types.6あたりにフレッシュリーダが登録されているはずなのでそこのbrowser.contentHandlers.types.6.uriという項目の値を新しいURLに変更すればよい。ただしFirefoxが前のURLを（おそらくbrowser.feeds.handlers.webserviceの部分に）キャッシュしているので、変更後は一度Firefoxを再起動させる必要がある。

参考URL

Adding feed readers to Firefox - MDC
僕は発展途上技術者 - Firefox 2 のフィード設定に Fresh Reader を追加する方法
My RSS 管理人 ブログ++: フレッシュリーダーを Firefox 2 に追加する方法